Ospitato sin dal 1969 in una palazzina di Via Risorgimento, nel centro storico della città di Crotone, il Museo Archeologico Nazionale è tra i più ricchi e fortunati della Calabria per l'abbondanza dei materiali esposti e per l'intrinseco valore storico ed artistico degli stessi.
Ubicato a pochi passi dal Castello di Carlo V, il Museo Nazionale di Crotone ospita gran parte dei ritrovamenti archeologici dell'area crotonese, è organizzato in due piani complessivi, con giardino espositivo all'ingresso. Tra i reperti più importanti trovano posto i rinvenimenti dell'area di scavo dell'antica Kroton, e del mitologico Heraion Lakinion, sul promontorio di Capo Colonna, dove insiste il Parco Archeologico omonimo.
Nel giardinetto esterno del pian terreno, posto all'ingresso del museo, si trovano due grossi vasconi termali in pietra labra, provenienti dal carico di un bastimento ritrovato nelle acque della Riserva Marina all'altezza di Punta Scifo. Il carico era proveniente dall'Asia Minore e databile al III secolo d.C. Sul pian terreno del museo è ospitato un piccolo bookshop di fianco la biglietteria.
Circa la città di Crotone notizie e documenti sono conservati nella biblioeca comunale ubicata all'interno del castello. Nel museo di Crotone i reperti sono esposti secondo un ordine cronologico che parte dalla fase preistorica che espone ascie ed armi litiche, un cranio umano e strumenti per l'agricoltura.
L'età del ferro propone ricchi corredi funerari e manufatti provenienti dall'area provinciale di Crotone. Una sezione dedicata alla produzione vascolare greca presenta vasi e anfore di rara fattura distinti in base alla provenienza: corinzia, calcidese, attica e italiota. Nel primo piano del Museo Archeologico Nazionale sono esposti con criterio topografico i ritrovamenti effettuati nell'area urbana di Crotone con grafici e piante che riproducono perfettamente il posto preciso dei rinvenimenti e degli attuali scavi cittadini. Un'intera sala è dedicata ai reperti provenienti dal celebre Santuario di Hera Lacinia, ed ai diversi oggetti votivi rinvenuti che costituiscono il famoso Tesoro della dea.
IL TESORO DI HERA LACINIA. Il Tesoro di Hera è costituito da preziosi oggetti votivi in oro, bronzo e marmo, rinvenuti nei pressi del santuario durante gli scavi nel Parco Archeologico di Capo Colonna. Tra questi oggetti spiccano, per interesse storico e artistico, lo splendido Diadema Aureo dedicato alla dea Hera Lacinia, protettrice dei crotoniati e non solo, e la misteriosa e ancor più interessante Barchetta Nuragica in bronzo del VII secolo a.C. la cui provenienza resta incerta, e le sue vicessitudini avvolte nel mistero.
Un'altra sezione del Museo archeologico di Crotone è dedicata ai rinvenimenti dell'antica Krimisa, odierna Cirò Marina, con una serie di capitelli in arenaria del Tempio di Apollo Aleo, oltre a terrecotte votive e vari marmi decorativi di porte e travi provenienti da edifici pubblici.