Pitagora nacque intorno all'anno 570 a.C. nell'isola greca di Samo, il padre ricco mercante di pietre preziose poté pagargli i migliori maestri del tempo, con i quali Pitagora iniziò gli studi. Divenuto adulto, il giovane ed intelligente samio si avviò alla pratica del commercio, spostandosi da una città all'altra del Mediterraneo per vendere gioielli e pietre preziose. Questo suo peregrinare lo portò a conoscere i maestri egizi, fenici e babilonesi che insegnarono lui i rudimenti della geometria, della matematica, e dell'attenta osservazione delle cose.
Tornato a Samo dopo 18 anni, Pitagora decise di fondare una scuola di sapienza, ma il tiranno dell'isola, Policrate, osteggiò il suo progetto. In questo periodo conobbe il medico crotoniate Democede che gli parlò del salubre clima e della vocazione ginnica della colonia magnogreca di Crotone. Per realizzare le sue aspirazioni nel 535 a.C. Pitagora lasciò la sua isola natia e giunse a Crotone, trovando una delle più potenti città della Magna Grecia, terreno fertilissimo per aprire la sua scuola filosofica. Sin da subito fu stimato dai crotoniati che lo descrivevano come uomo gentile, sobrio e raffinato, con parlare elegante e con uno spiccatissimo senso dell'osservazione. I giovani delle classi abbienti facevano a gara per iscriversi alla sua scuola, e per sentire parlare il Maestro.
Uno dei principi cardini della filosofia di Pitagora era l'idea dell'intelligibile, cioè che tutte le cose in natura apparissero all'uomo nascoste dal loro aspetto esteriore, ma che il pensiero umano fosse comunque in grado di intuire le verità nascoste al di là del puro aspetto esteriore. Per cogliere l'intelligibilità delle cose, si deve porre distacco dagli aspetti materiali della vita, quindi restare sobri e morigerati, ripudiare lo sfarzo inutile per dedicarsi all'osservazione. Questa profonda opera di moralizzazione della vita politica e sociale, diede nascita al partito dei pitagorici che raccolse in se le classi aristocratiche della città, governandola con sobrietà e dedizione fino alla vittoria finale sulla rivale Sybaris nel 510 a.C. ed alla conseguente conquista del suo vasto e ricco territorio.
Dopo quella data, il partito di Pitagora si trasformò in una casta antidemocratica. Il potere veniva gestito al suo interno in modo oligarchico e anti democratico, lasciando alcuno spazio alle altre classi sociali. Nel 500 a.C. scoppiò la rivolta anti-pitagorica guidata dall'aristocratico Cilone che conquistò il potere insieme ai contadini. Pitagora fu costretto a fuggire ripiegando a Metaponto dopo che le città Taranto e Locri gli negarono ospitalità. Il declino e l'indegna fine del gruppo politico pitagorico, e sopratutto l'irriconoscenza delle città magnogreche che non lo accolsero alla sua fuga, rende controversa la reale figura di Pitagora, le fonti non sono molte, la maggior parte lo ritrae come uomo sobrio ed intelligente. Qualcuno per sentito dire lo descrive come un burlone e ciarlatano, ma Cicerone, uomo di straordinaria cultura, più tardi su Pitagora si espresse così:
"Vi sono certe rare persone che trascurano completamente tutto il resto e studiano attentamente la natura. Questi si chiamano amanti della sapienza, cioè filosofi, e come nel mercato l'atteggiamento più nobile è fare da spettatore senza cercare vantaggio alcuno, così nella vita lo studio e la conoscenza delle cose è di gran lunga superiore a tutte le attività. Invero, Pitagora non solo fu l'inventore del nome filosofia, ma diede sviluppo all'attività stessa". (Cicerone, Tuscolanae Disputationes, V, 3, 8)