Non ancora accertate in maniera univoca le origini di Filolao, medico e filosofo del V secolo a.C. al quale si deve il grande merito di aver divulgato i concetti filosofici della dottrina pitagorica. Di certo Filolao compare tra i rifugiati a Tebe sfuggiti alla seconda persecuzione anti-pitagorica condotta a Crotone da una nuova e feroce classe dirigente, avversa alla politica classista ed aristocratica dei pitagorici. Diogene Laerzio afferma senza dubbio alcuno, che Filolao è medico e filosofo nato a Crotone, mentre altre fonti storiche lo riferiscono proveniente da Taranto. Di certo Filolao visse nella città di Pitagora.
Per sfuggire dunque alla sangiunosa repressione, il gruppo pitagorico crotoniate si rifugiò a Tebe, divenuta nella prima metà del V secolo a.C. il principale centro di raccolta di profughi politici provenienti dalla Magna Grecia. La città beotica era abitata da un popolo di stirpe affine a quella che aveva fondato l'antica Kroton, ed era governata da un ceto aristocratico formato da famiglie ricche ed amanti dello sport. Tebe offrì a Filolao e compagni solidarietà di classe ed un ambiente culturale favorevole all'apertura di una scuola filosofica. Ben presto la sua scuola divenne famosa e frequentata, sì che Filolao potè professare i suoi principi filosofici. Filolao organizzò in modo sistematico le dottrine scientifiche e filosofiche di Pitagora e le divulgò, liberandoli dal carattere settario che avevano assunto prima. Egli cimentandosi con la relazione tra l'interminato ed il terminato nella struttura del cosmo, sostenne che il terminato non sta all'esterno del cosmo, da esso separato con netti confini, ma penetra al suo interno ed interagisce con esso in un rapporto che si può rappresentare con numeri, che sono razionali ed irrazionali. Filolao è anche ricordato nella storia del pensiero scientifico per avere sottoposto a profonda revisione la concezione cosmologica pitagorica, fondata sulla sfericità della Terra e sul geocentrismo. Egli sostenne infatti che al centro dell'universo sta un fuoco, principio motore, e che intorno ad esso ruotano tutti gli elementi dell'universo, comprese le stelle fisse. La dottrina filosofica di Filolao si cimentò presto con la medicina antica, in particolare con la scuola medica crotoniate, e con Alcmeone e Democede, massimi esponenti. Ribattendo la teoria del livellamento delle forze contrapposte, che aveva fatto la fortuna di Alcmeone, il filosofo crotoniate ritenne invece che il corpo umano è composto di solo caldo, e che tutti gli altri principi attivi come il freddo, il secco e l'umido, si introducono dall'esterno, per creare con il caldo l'equilibrio vitale. In risposta a Democede, che cercava l'eziologia delle malattie nel sangue, nella bile e nei catarri, Filolao protese per l'inscindibilità tra corpo e anima, percui le malattie sono provocate dall'annientarsi dell'anima, dovuta a principi sconosciuti.
Certamente Filolao visse e professò nell'antica Kroton, divenendo membro di un piccolo gruppo aristocratico, seguace della dottrina politica e filosofica dei pitagorici. La sua vita e le sue opere sono indissolubilmente legate alla storia della colonia achea, e della nota scuola pitagorica. Dove egli sia nato, assume in questa ottica poca importanza.