Il Museo Archeologico di Capo Colonna è stato inaugurato nel 2002 all'interno di un nuovo edificio costruito all'ingresso del Parco Archeologico omonimo. La struttura ad un piano è incastonata perfettamente nel terreno e circondata da prati e alberi sempre verdi, presenta esternamente rivestimenti in pietra, il tutto per ridurne l'impatto ambientale. All'interno, suddivisi in tre sezioni, sono esposti i reperti archeologici rinvenuti nell'area di scavo circostante e nell'adiacente ed attiguo Parco Archeologico di Capo Colonna.
La prima sezione introduce alla scoperta della colonia romana che si sviluppò nell'area del santuario tra il 194 a.C. ed il II° secolo d.C. esponendo monete, anfore, vasi e suppellettili della vita quotidiana organizzati per classi di ceramica usata. La seconda sezione invece ospita reperti del periodo greco tra cui diversi frammenti di sculture in marmo tutti risalenti al V° secolo a.C. e certamente appartenenti al frontone del Tempio del celeberrimo Santuario di Hera Lacinia. Ma anche statuette votive in bronzo, oro e argento e vasi in terracotta di produzione corinzia, attica, eolia e provenienti da ogni parte della Grecia antica a testimonianza della magnificienza di quello che i Greci chiamavano l'Heraion Lakinion. L'ultima sezione è dedicata ai reperti subacquei succedutisi nell'arco dell'ultimo ventennio di ricerche marine. Sono esposti basi e cippi in marmo per un totale di oltre 300 tonnellate di marmi lavorati, il gruppo marmoreo di Amore e Psiche ed un bronzetto raffigurante Eracle e la Cerva.
Nel Museo Archeologico di Capo Colonna sono presenti anche apparati didattici che guidano il visitatore alla perfetta ricostruzione degli ambienti interni ed esterni del santuario dedicato ad Hera Lacinia. Tra i reperti più pregiati si segnala un bellissimo elmo corinzio in bronzo relativo al V° secolo a.C. di provenienza subacquea, esposto nella sala di ingresso al museo insieme ad un' Ara in marmo con dedica alla dea lacinia per la salute di Marciana, sorella dell'imperatore Traiano e un busto in terracotta di divinità femminile del II° secolo a.C. Tra i più antichi un cippo di età arcaica (VI° secolo a.C.) con iscrizione in alfabeto acheo dedicato ad Hera Eleutheria, che apre la seconda sezione.