Ubicato 12 km più a sud di Crotone, all'interno di un nuovissimo edificio costruito all'ingresso del Parco Archeologico con tecniche di riduzione dell'impatto ambientale, il Museo Archeologico di Capo Colonna è stato inaugurato nell'estate del 2002 con l'intento di posizionare al meglio gli ingenti reperti provenienti dall'area di scavo del promontorio lacinio. La struttura si presenta bassa a piano unico, costruita poco sotto il livello del terreno e con rivestimento esterno in pietra. La vegetazione circostante, che quasi ingoia il museo, aiuta fortemente a ridurre l'impatto con l'ambiente circostante.
All'interno, suddivisi in tre sezioni, sono esposti i reperti archeologici rinvenuti nell'area di scavo circostante e nell'adiacente ed attiguo Parco Archeologico di Capo Colonna, e testimoniano la vita dell'antica colonia Kroton, l'odierna città di Crotone. La prima sezione introduce alla scoperta della colonia romana che si sviluppò nell'area del santuario tra il 194 a.C. ed il II secolo d.C. esponendo monete, anfore, vasi e suppellettili della vita quotidiana, organizzati per classi di ceramica usata. La seconda sezione invece ospita reperti del periodo greco legati al culto e alla venerazione secolare di Hera Lacinia. Si trovano in questa sezione statuette votive in bronzo, in oro e in argento, e vasi in terracotta di produzione corinzia, attica, eolia, condotti sul promontorio da ogni parte dell'antica Grecia, in omaggio alla potente dea moglie di Zeus. Presenti anche diversi frammenti di sculture in marmo tutti risalenti al V secolo a.C. e certamente facenti parte del frontone del tempio del celeberrimo Santuario. L'ultima sezione è dedicata ai reperti subacquei succedutisi nell'arco dell'ultimo ventennio di ricerche marine. Sono esposti basi e cippi in marmo per un totale di oltre 300 tonnellate di marmi lavorati, tra le quali spiccano per accorgimenti stilistici il gruppo marmoreo di Amore e Psiche ed un bronzetto raffigurante Eracle e la Cerva.
Nel Museo Archeologico di Capo Colonna sono presenti anche apparati didattici che guidano il visitatore alla perfetta ricostruzione degli ambienti interni ed esterni del santuario dedicato ad Hera Lacinia. Tra i reperti più pregiati si segnala un bellissimo elmo corinzio in bronzo relativo al V secolo a.C. di provenienza subacquea, esposto nella sala di ingresso al museo insieme ad un' Ara in marmo con dedica alla dea lacinia per la salute di Marciana, sorella dell'imperatore Traiano, e un busto in terracotta di divinità femminile del II secolo a.C. Tra i più antichi un cippo di età arcaica con iscrizione in alfabeto acheo dedicato ad Hera Eleutheria, VI secolo a.C. che apre la seconda sezione.